Profesional desde 1996, un año antes ya había sido una de las sensaciones del circuito internacional de tenis al alcanzar los cuartos de final del torneo ATP de Praga, sin duda un gran resultado para un jugador de apenas quince años de edad. Y es que Zabaleta fue el número uno mundial de las jóvenes promesas del deporte de la raqueta en 1995.
En la temporada siguiente venció en el Challenger de Birmingham y en 1998 se hizo con su primer campeonato ATP tras vencer en el campeonato de Bogotá al paraguayo Ramón Delgado. En la temporada siguiente la suerte le fue esquiva, puesto que pudo disputar varias finales, pero no logró imponerse en ninguna de ellas, perdiendo en Hamburgo, Saint Poelten y Amsterdam ante Marcelo Ríos y Younes el Aynaoui, respectivamente.
No obstante, la regularidad que demostró ese año le permitió convertirse en el número uno del tenis argentino y ascender hasta su mejor registro en la lista ATP al ocupar la posición número 21.
A partir de 1999, Zabaleta bajó algo su nivel y no ha terminado de demostrar todo lo que se esperaba de él. Ha tenido buenas actuaciones, como llegar a los cuartos de final en el OPEN USA en 2001 o a la cuarta ronda de Roland Garros en las ediciones de 2002 y 2003, pero su lista de triunfos se ha ido reduciendo paulatinamente.
Tan sólo pudo hacerse con dos torneos al ganar en Bastad, en las ediciones de 2002 y 2003, a Nicolás Lappenti y a su compatriota Gustavo Kuerten.
En 2005, al argentino le siguió faltando ese plus de solvencia en el juego para poder acceder al menos a las finales, quedándose a las puertas ya sea en semifinales o en cuartos de final en numerosos torneros, como los de Kitzbüel, Bastad, Costa do Saupie, Sttutgart o Viña del Mar.
Una lesión de rodilla mantuvo al argentino fuera de combate durante cerca de cinco meses y le dejó fuera del Top 100 al final de año por primera vez desde 1997. Después de la operación de rodilla del 1 de octubre de 2005, retornó a las pistas en mayo. Jugó un par de Challengers con un balance muy pobre de una victoria y dos derrotas. Ya en junio, alcanzó los cuartos de final en el Challenger de Regio Emilia. Retornó al circuito ATP en Bastad, pero se tuvo que retirar ante Massu con una lesión en la ingle. La siguiente semana llegó a tercera ronda en Stuttgart con triunfos de mérito sobre Waske y Gaudio, aunque acabó sucumbiendo frente a Horna. Pasó una ronda en Kitzbuhel, pero perdió cuatro de sus cinco partidos de ATP en el resto del año.
En 2007, el argentino regresó tras la lesión de la rodilla del año pasado a su octavo año en la ATP, y consiguió una marca de 15-5 logrando además dos títulos.
Abrió la temporada con un título en el Torneo de La Serena (ganó a Brzezicki); además, llegó ala final del torneo de Florianopolis, donde perdió ante Hernández.
En abril, se clasificó para su primera final de la ATP en Houston, batiendo al número 9 del mundo, Blake en semifinales, pero perdió ante Karlovic.
La siguiente semana consiguió el título de Bermuda, ganando a Danvevic.
Le siguieron dos semanas donde pasó del nº 156 de la ATP al nº 88 y ese mes de abril, al nº 23. No volvió a ganar un partido esta temporada.